上海交通大学港澳台办公室是上海交通大学对港澳台地区开展交流与互动的窗口与桥梁，是全校涉港澳台事务的统筹、协调和推动者。其工作目标是：

服务新时期国家、学校的工作大局，培育港澳台籍精英学生、服务当地社会，打造精品活动、提升合作质量、促进内涵发展，为全校师生搭建在港澳台地区全方位、多层次、有深度的交流平台，切实提升学校在港澳台地区的声誉和影响力。

负责研究和制定港澳台地区交流与合作的战略规划、行动计划；

推进与港澳台高校各个层面伙伴关系的建立和维护；

组织和安排校领导港澳台地区的重要出访，各高校、机构的来访接待；

对接国家政策，设计并积极开展针对港澳台地区的各类师生交流项目，加深理解与合作；

统筹协调校内港澳台籍教师的管理与服务以及港澳台学生的招生、培养、管理工作。